Na vzniku VVV se podílejí:

1. faktory genetické: zodpovědné za přibližně 10 – 15% VVV, jsou asociovány s karyotypickými aberacemi či vycházejí z genových mutací
2. faktory zevního prostředí: tzv. teratogeny, způsobují rovněž 10 – 15% VVV
3. multifaktoriální příčiny a faktory doposud neznámé (70 – 80% VVV)

Teratogeny a genetické faktory mohou zasahovat do normální morfogeneze plodu na různých úrovních. Postiženy mohou být například: buněčná migrace, proliferace, interakce, apoptóza a jiné.

Vyvíjející se plod je v různých obdobích různě citlivý na faktory, které jeho vývoj nepříznivě ovlivňují. První trimestr gravidity je obdobím, kdy je zárodek zvýšeně citlivý k působení škodlivin. V druhém a třetím trimestru je organogeneze prakticky dokončena, proto je plod proti negativním vlivům již více odolný. Z výše uvedeného vyplývá, že čím dříve dojde k poruše vývoje, tím jsou následky pro vyvíjející se organismus závažnější. Tzv. kritické období plodu představuje 3. – 9. týden vývoje. Pro jednotlivé orgány je kritické období specifické a vzájemně mírně odlišné:

• Centrální nervový systém a kardiovaskulární systém: přibližně 3. – 6. týden vývoje.
• Smysly — oči a uši — přibližně 4. – 9. týden vývoje.
• Končetiny: konec 4. týdne až polovina 8. týdne vývoje.
• Patro a zuby: 6. – 8. týden vývoje.
• Zevní genitál: 7. – 9. týden vývoje.

Kromě fáze gravidity má na další osud plodu vliv také intenzita podnětu. Silné podněty vedou většinou přímo k odúmrtí plodu a tak tedy spíše inzulty menší intenzity vedou ke vzniku malformace. Během prvních dvou týdnů vývoje není naštěstí plod příliš citlivý k teratogenním podnětům, buď k poškození vůbec nedojde nebo naopak, což je méně časté, celé plodové vejce odumře.