Orgány trávícího traktu vznikají z větší části z vnitřního zárodečního listu (entodermu), a to z entodermálního základu primitivní střevní roury. Pouze menší část v oblasti hlavového konce vzniká z ektodermální oblasti primitivní ústní dutiny. Základy obličeje a dutiny ústní se formují mezi 4. – 8. týdnem embryonálního vývoje ze žaberních oblouků (maxilárního a mandibulárního). Kraniálnější části GIT (jícen, žaludek, duodenum, pankreas a játra) se vytváří z faryngeálního střeva, na které navazuje primární střevní klička (jejunum, ileum, kolon), ta vzniká ze střeva středního. Primární střevní klička v průběhu vývoje rotuje proti směru hodinových ručiček. Nejkaudálnější úsek střevní roury se vyvíjí současně s urogenitálním systémem ze společné kloaky.
Vrozené vývojové vady gastrointestinálního traktu patří mezi relativně časté.
Etiologie je komplexní, mnohé jsou součástí chromosomálních aberací a genetických syndromů, patří mezi projevy intrauterinní infekce nebo účinku teratogenů. Častou příčinou porušení kontinuity střeva je porucha cévního zásobení a s tím související ischémie.