Při delším pobytu nezralých novorozenců se obáváme nozokomiálních infekcí. Riziko přenosu existuje při každé manipulaci s dítětem a zejména při invazivních vstupech. Výskyt nozokomiálních infekcí je nejvyšší mezi extrémně nezralými novorozenci a novorozenci v celkově těžkém stavu.
Kůže, dolní gastrointestinální trakt, nos a ústa jsou u každého novorozence velmi rychle osídleny běžnou mikroflórou.
Složení této mikroflóry nebývá fyziologické u dětí nedonošených nebo dětí hospitalizovaných na odděleních intenzivní péče a JIP. Zda se na tomto podkladě propukne skutečná infekce závisí na zralosti dítěte, hustotě kolonizace a virulenci kolonizujících kmenů. Při zavádění cévních katétrů může být infekce zavlečena do krevního řečiště, do dýchacích cest při intubaci, odsávání, do tělních dutin zaváděním drénů apod.
Vysokou mortalitu a riziko dlouhodobých komplikací mají nozokomiální sepse a meningitidy novorozence. Problémem jsou multirezistentní bakterie.