E-mail hlavního autora atlasu:
jfeit@ics.muni.cz
Tento atlas je vystaven na Internetu bez jakékoliv záruky stran správnosti, úplnosti a užitečnosti.
Ačkoliv je tento atlas sestavován v dobré víře ve správnost vkládaných informací, ani autoři ani přispěvatelé jednotlivých případů nemohou nést jakoukoli právní zodpovědnost za možné chyby nebo neúplnost textu nebo obrazů. Autoři, přispěvatelé ani správci serveru na kterém je tento atlas vystaven neposkytují jakoukoli záruku na materiál obsažený v tomto atlase.
Bez písemného svolení autorů není dovoleno:
Pokud chcete umístit odkaz na atlas na Vaší webovské stránce, použijte odkaz na hlavní stranu: http://atlases.muni.cz
Pro používání atlasu potřebujete Internetový prohlížeč Mozilla (verze 1.3 a výše) nebo Microsoft Internet Explorer ve versi 5.5 a výše. Prohlížeč musí mít dovoleno používání JavaScriptu a stahování obrázků musí být umožněno.
Prohlížeče Mozilla (a asi i NN 7) umožňují zablokovat dynamickou výměnu obrazů. Pokud máte tuto blokaci aktivovanou, nebudou fungovat fokusovací obrázky a automatický náhled obrázků v logu Pi při přejetí myší nad jménem obrázku. (Viz Edit->Preferences->Advanced->Scripts&Windows)
Doporučujeme používat nové verze obou prohlížečů (MSIE 6.0, Mozilla 1.5 a výše). Na jiných prohlížečích není atlas testován.
Operační systém: Windows 95, 98, 2000, NT, XP nebo Unix (na počítačích MacIntosh nebyl atlas testován, měl by však fungovat rovněž). Při otevírání hlavní stránky probíhají testy na instalovaný operační systém, druh Internetového browseru a aktivovaný JavaScript. Pokud nastavení provoz atlasu neumožňuje, systém ohlásí druh chyby a atlas není možné prohlížet.
Pro správné využití obrázků doporučujeme monitor o rozlišení minimálně 1024×748 obrazových bodů, raději více. Barevná hloubka 24 nebo 32 bit (True Colors). Úhlopříčka monitoru minimálně 17". Paměť RAM počítače minimálně 64 MB, zejména pokud chcete používat obrázky o vysokém rozlišení. Ideální je monitor 21" 1600×1200 bodů a nejméně 256 MB RAM.
Menším monitorům se atlas sice přizpůsobí, kvalita obrazů je však výrazně horší a orientace mezi jednotlivými okny je komplikovaná. U méně výkonných počítačů je dále vhodné neotvírat příliš mnoho obrazových oken najednou (spotřeba paměti je vysoká).
Standardní obrázky atlasu mají velikost přibližně 600 kb, velké obrázky kolem 2 MB. Pro fokusovací obrazy je někdy nutné až kolem 10 MB. Pro prohlížení atlasu je proto nutné rychlé připojení (minimálně 1 Mbit/s) (nebo nepoužívat lupu).
Pro přípravu obrazů byl použit mikroskop Leica DMLB vybavený sadou objektivů HC Fluotar (HC Fluotar 5/0.15, 10/0.30, 20/0.50, 40/0.70, 100/1.30 a Plan 2/0.1). Mikroskop byl vybaven skanovací kamerou Leica S1, umožňující získat obrazy o rozlišení až 5112×5112 obrazových bodů, v 3×12 barvě.
Později jsme používali mikroskop Leica DMLA se sadou planapochromatických objektivů (HC Fluotar 5/0.15, HC PlanApo 10/0.30, 20/0.50, 40/0.70, 100/1.30 and a Plan 2/0.07) a digitální kamerou Nikon DMX 1200. Motorizovaný stolek Merzhäuser byl používán pro posun preparátu. Kamera snímla jednotlivé obrazy v rozlišení 1200×1000 obrazových bodů, 3× 8 bit barva. Program pro obrazovou analýzu a zpracování obrazu Lucia DI LIM (Laboratory Imaging, Praha) je použit pro tvorbu složených obrazů velkých velikostí (i přes 10000 obrazových bodů).
Stejný mikroskop i program byl použit pro tvorbu obrazů s možností zaostřování.
V poslední době používáme ke získávání obrazů o velkém rozlišení systém na bázi mikroskopu Nikon 90i se sadou objektivů 2 – 100×. Pro snímání jsou využívané objektivy CFI PlanApo 20×/0.75, CFI 40×/0.95, CFI VC 60×oil.im./1.40 a CFI VC 100×oil.im./1.40. Mikroskop je řízený softwarem NIS ELEMENTS AR LIM (Laboratory Imaging, Praha). Kamera Nikon DS-Fi1 má rozlišení 2560×1920 px, 3×8 bit. Součástí systému je motorový stolek Prior s držákem na 4 preparáty. Systém byl pořízen za podpory projektu MediGrid (CESNET) v roce 2008.
Obrazy s možností proostřování byly pořízeny na mikroskopu Nikon Eclipse 1000 (Plan Fluor optika) kamerou Basler v rozlišení 1300×1000 obrazových bodů ve více fokusovacích rovinách, vzdálených zpravidla 0.5 µm. Kamera je řízena softwarem pro obrazovou analýzu Lucia DI (Laboratory Imaging). Nověji pro snímámí fokusovacích obrazů používáme rovněž mikroskop Leica DMLB.
Kamerou Basler byla dále pořízena i část obrazů imunofluorescenčních.
Obrazy o vysokém rozlišení byly dále uloženy v jpeg formátu (JFIF ztrátová komprese) ve velikostech max. 900 obrazových bodů a integrovány do atlasu. Obrazy o vysokém rozlišení (pro lupu) mají velikost až 7400×7400 obrazových bodů.
Zdrojový text atlasu je ve formátu XML, zdroje pro prohlížeče (HTML) jsou generovány pomocí skriptů v jazyce Perl (moduly XML::Twig, Text::Template, Class::Struct a Cz::Sort), stejně jako všechny reference, indexy, pomocné stránky a křížové odkazy.
Cvakněte myší na zvolené položky obsahu. Cvaknutí na podkapitoly ukazuje text. Cvaknutí na linky s obrázky otevře okno s obrazem a tlačítky, umožňující otevření oken s detaily a seznamem znaků.
Ukázka atlasu s hlavními okny:
V pozadí je okno s textem atlasu samotného.
V popředí vpravo nahoře je hlavní obrazové okno.
Vlevo nahoře je okno ukazující detail (detail
je řízen cvakáním myší na libovolná místa
hlavního obrazu). Vlevo dole je okno se seznamem
znaků; každý znak po přejetí myší aktivuje
odpovídající šipky v hlavním obrazovém okně.
Obrázky
K otestování: otevření tohoto ukázkového obrázku
Atlas - práce s atlasem, (1965)
Oken s obrázky může být naráz otevřen větší počet. Každé okno s obrázkem má ovládací řadu tlačítek:
zapíná a vypíná seznam znaků
zapíná lupu
vypíná lupu
zavírá okno s obrázkem
fokusuje nahoru
fokusuje dolů
zvětší obrázek v základním
okně; obrázkem lze pohybovat myší zapíná a vypíná seznam znaků,
který se otevírá ve zvláštním okně. Seznam znaků je generovaný
a využívá všeobecné databáze znaků a někdy je doplněn upřesňujícími
poznámkami. Pokud přejedete myší nad znakem, u většiny znaků
se pozadí textu změní na světle zelenou a v obrázku se objeví
šipky nebo jiné značky ukazující na daný znak. Pokud myší text
znaku opustíte, šipky zmizí. Pokud cvaknete myší na daný znak,
pozadí se změní na tmavě zelenou a šipky se zafixují. Pokud
cvaknete na seznam znovu, zobrazování šipek se odblokuje.
Znaky se šedým pozadím šipky nezobrazují.
Pokud je seznam znaků dlouhý, je nutno využít rolovací lišty.
Okno se znaky vypnete opětovným cvaknutím na stejné tlačítko,
které okno otevřelo.
Testovací obrázek pro kontrolu správnosti šipek:
Ověření správnosti šipek, (522)
zapíná lupu, neboli
otevírá obrázek s velmi vysokým rozlišením ve zvláštním okně
malých rozměrů. Toto okno posunuje obraz podle cvaknutí myší
na obraz v hlavním okně tak, že bod, na který se cvaklo, je
posunut doprostřed. Tím ukazuje požadované detaily.
Obrázky, ke kterým neexistuje obraz o vysokém rozlišení,
tlačítko s lupou nemají.
vypíná lupu, tedy
malé okno s obrázkem o vysokém rozlišení je uzavřeno.
K zavírání lupy používejte vždy toto tlačítko!
fokusuje nahoru,
neboli u obrázků mění fokusovací rovinu. Toto tlačítko je k dispozici
jen u těch obrázků, které byly pořízeny ve více fokusovacích
rovinách.
fokusuje dolů,
obdobným způsobem.
zavírá okno s obrázkem,
včetně eventuálně otevřené příslušné lupy a seznamu znaků.
K zavírání obrázku používejte vždy toto tlačítko!
Zvětší obrázek v základním okně přibližně faktorem 2.5
(nedojde k degradaci obrazu, ale objeví se nové detaily).
Obrazem lze pohybovat myší (držet stisknuté levé tlačítko
myši, táhnout). Stejné tlačítko vrátí obrázek do původního
stavu. Tato funkce je k dispozici u obrázků, kde je
příliš velký rozdíl mezi velikostí základního obrázku
a obrázkem pro lupu. Zapnutí znaků tuto funkci deaktivuje
a naopak; znaky se šipkami tedy fungují jen když je
obrázek v základní velikosti. Naopak okno pro vysoké
rozlišení (lupa) funguje v obou režimech.
Ne všechna tlačítka jsou k dispozici na každém obrázku!
Rozhraní pro virtuální mikroskop se aktivuje obdobným způsobem jako lupa do malého okna a je podobným způsobem synchronizováno s cvakáním myši v základním okně.
Okno s virtuálním mikroskopem však navíc umožňuje:
Virtuální mikroskop zprostředkuje efektivní přístup k detailům obrazů snímaných ve velkých rozlišeních.
Obrázky
Normální ledvina, muž stáří 33 let, odběr z nepostižené tkáně ledviny
odebrané pro Grawitzův karcinom:
Normální ledvina, kůra, HE 100x (72474)
Po otevření se na obrázku krátce objeví logo a u obrázků, které pochází od jiného než hlavního autora, též štítek se jménem a adresou přispěvatele. Tato loga po chvilce zmizí, takže kvalita obrazu není logem narušena.
Logo, které se zobrazuje vlevo nahoře na textových stránkách atlasu, je místo, kde je možné vidět malý ikonizovaný obrázek, přes jehož odkaz právě přejíždíte myší. Tak je možné získat přibližnou představu o obrázku před jeho otevřením (které může trvat delší dobu). Pokud na toto logo cvaknete myší, přenesete se na stránku s obsahem.
Ačkoliv jsme se snažili, aby atlas fungoval nezávisle na operačním systému a typu prohlížeče, některým problémům nebylo možné se vyhnout.
V atlase existuje řada typů obrázků: snímky pacientů, snímky z pitevny, snímky biopsií, klinické obrazy (endoskop), rtg snímky různých metodik (CT, angiografie, MR) a dále snímky histologické (běžné metody, fluorescence, polarizace, FISH a další).
Na většině obrazů je možné si aktivovat šipky, které směřují na důležité oblasti obrazů.
Některé makroskopické snímky a většinu snímků histologických je možné zvětšit. Zvětšeným obrazem pak lze pohybovat tažením myší.
Některé snímky z CT nebo MR obsahují více obrazových rovnin, mezi kterými je možné přecházet. Šipky se však vztahují pouze k rovině výchozí. Podobným způsobem jsou sestaveny i některé snímky angiografické, kde je možné procházet jednotlivými snímky časové řady a sledovat tak například průběh nástřiku.
Některé histologické snímky je možné ostřit jako u mikroskopu (byly nasnímány ve více rovinách, mezi rovinami lze přecházet).
Většina histologických snímků byla nasnímána ve velkém rozlišení. Uživatel si může aktivovat lupu (malé okno), jejíž obsah se řídí cvakáním myší na základní obraz.
Některé snímky (kde originál je obraz o hraně až desítek tisíc obrazových bodů) je možné zobrazit prohlížečem na bazi FLASH readeru (který musí být nainstalovaný). Prohlížeč zoomify (www.zoomify.org) umožňuje zoomování obrazu až do plného rozlišení a pohyb v obraze tažením myší.
Nejnovější řešení přístupu k obrazovému detailu je na bazi čistého JavaScriptu, takže nevyžaduje instalaci žádných přídatných softwarových modulů. Uživatel má k dispozici okno virtuálního mikroskopu. Je možné měnit zvětšení a u snímků pořízených ve více rovinách lze i fokusovat. Okno je možné libovolně zvětšit (až na celou obrazovku), tažením myší pohybovat obrazem, škálou vlevo nahoře měnit zvětšení a (pokud je fokusování k dispozici) škálou vlevo dole nebo kolečkem myši měnit obrazové roviny.
Obrázky
Makroskopický snímek, absces varlete s píštělí:
Absces varlete, Makro, pitva (72241)
Tentýž případ, metoda celoplošného snímání histologického řezu
objektivem 10×, 24 000×16 000 obrazových bodů, jedna rovina:
Absces varlete s píštělí, HE 40x (72274)
Tentýž případ, zvětšení 40×, 24 000×22 000 obrazových bodů:
Absces varlete s píštělí, HE 40x (72273)
Klinický snímek z endoskopu, peptický vřed žaludku:
Chronický peptický vřed, CLINIC (72201)
Snímky z fetopatologické laboratoře (kasuistika):
Thoracopagus, Makro, pitva (72276)
Snímek z CT, s možností přechodu mezi vyšetřovacími rovinami:
Apendicitis, retrocékální absces, CT, kontrast Rtg (74600)
Dynamické zvětšení histologického preparátu za použití FLASH appletu zoomify:
Placenta, potrat; reaktivní změny povrchu amniálních blan na mekonium, HE 20x (71957) [zoomify]
Virtuální mikroskop s možností fokusace, snímaný imerzním
100× zvětšujícím objektivem v sedmi rovinách,
29 000×21 000 obrazových bodů v každé rovině:
Hodgkinův lymfom, nodulární skleróza, HE 100x (72239)