Pro přípravu obrazů byl použit mikroskop Leica DMLB vybavený sadou objektivů HC Fluotar (HC Fluotar 5/0.15, 10/0.30, 20/0.50, 40/0.70, 100/1.30 a Plan 2/0.1). Mikroskop byl vybaven skanovací kamerou Leica S1, umožňující získat obrazy o rozlišení až 5112×5112 obrazových bodů, v 3×12 barvě.
Později jsme používali mikroskop Leica DMLA se sadou planapochromatických objektivů (HC Fluotar 5/0.15, HC PlanApo 10/0.30, 20/0.50, 40/0.70, 100/1.30 and a Plan 2/0.07) a digitální kamerou Nikon DMX 1200. Motorizovaný stolek Merzhäuser byl používán pro posun preparátu. Kamera snímla jednotlivé obrazy v rozlišení 1200×1000 obrazových bodů, 3× 8 bit barva. Program pro obrazovou analýzu a zpracování obrazu Lucia DI LIM (Laboratory Imaging, Praha) je použit pro tvorbu složených obrazů velkých velikostí (i přes 10000 obrazových bodů).
Stejný mikroskop i program byl použit pro tvorbu obrazů s možností zaostřování.
V poslední době používáme ke získávání obrazů o velkém rozlišení systém na bázi mikroskopu Nikon 90i se sadou objektivů 2 – 100×. Pro snímání jsou využívané objektivy CFI PlanApo 20×/0.75, CFI 40×/0.95, CFI VC 60×oil.im./1.40 a CFI VC 100×oil.im./1.40. Mikroskop je řízený softwarem NIS ELEMENTS AR LIM (Laboratory Imaging, Praha). Kamera Nikon DS-Fi1 má rozlišení 2560×1920 px, 3×8 bit. Součástí systému je motorový stolek Prior s držákem na 4 preparáty. Systém byl pořízen za podpory projektu MediGrid (CESNET) v roce 2008.
Obrazy s možností proostřování byly pořízeny na mikroskopu Nikon Eclipse 1000 (Plan Fluor optika) kamerou Basler v rozlišení 1300×1000 obrazových bodů ve více fokusovacích rovinách, vzdálených zpravidla 0.5 µm. Kamera je řízena softwarem pro obrazovou analýzu Lucia DI (Laboratory Imaging). Nověji pro snímámí fokusovacích obrazů používáme rovněž mikroskop Leica DMLB.
Kamerou Basler byla dále pořízena i část obrazů imunofluorescenčních.
Obrazy o vysokém rozlišení byly dále uloženy v jpeg formátu (JFIF ztrátová komprese) ve velikostech max. 900 obrazových bodů a integrovány do atlasu. Obrazy o vysokém rozlišení (pro lupu) mají velikost až 7400×7400 obrazových bodů.