Cvaknutím myší na odkaz na obraz v textu atlasu se aktivuje rozhraní virtuálního mikroskopu. Podle nastavení uživatelova prohlížeče se virtuální mikroskop otevře do nového okna nebo do nového tabu.
Virtuální mikroskop umožňuje manipulaci s obrazem. Rozhraní je unifikované, ale možnosti se mohou lišit podle typu obrazu. Záleží na tom, jakého typu je daný obraz, například pokud je obraz snímaný ve více rovinách, lze mezi rovinami přecházet; pokud je k dispozici jen jedna rovina, tato možnost není.
Uživatelé si mohou některé prvky rozhraní nastavit; systém si bude jejich nastavení pamatovat (například jazyk).
Podle způsobu přístupu k virtuálnímu mikroskopu lze rozlišit tři úrovně: uživatel, učitel a autor.