Rozhraní pro virtuální mikroskop se aktivuje obdobným způsobem jako lupa do malého okna a je podobným způsobem synchronizováno s cvakáním myši v základním okně.
Okno s virtuálním mikroskopem však navíc umožňuje:
- posunovat obraz tažením myší
- měnit zvětšení (škála vlevo nahoře)
- ostřit obraz (škála vlevo dole, jen u obrazů snímaných ve více rovinách)
- libovolně zvětšit okno virtuálního mikroskopu (až na celou obrazovku)
Virtuální mikroskop zprostředkuje efektivní přístup k detailům obrazů snímaných ve velkých rozlišeních.