Rozhraní pro virtuální mikroskop se aktivuje obdobným způsobem jako lupa do malého okna a je podobným způsobem synchronizováno s cvakáním myši v základním okně.

Okno s virtuálním mikroskopem však navíc umožňuje:

• posunovat obraz tažením myší
• měnit zvětšení (škála vlevo nahoře)
• ostřit obraz (škála vlevo dole, jen u obrazů snímaných ve více rovinách)
• libovolně zvětšit okno virtuálního mikroskopu (až na celou obrazovku)

Virtuální mikroskop zprostředkuje efektivní přístup k detailům obrazů snímaných ve velkých rozlišeních.