Hyperkeratotický čep obklopený (jakoby objímaný) vyvýšenou epidermis. Čepy dlaždicového epitelu jeví nepravidelnou keratinizaci, bývají nepravidelné, ve spodině rostou infiltrativním způsobem. Mitotická aktivita bývá (ve fázi počátečního růstu) vysoká, najdou se i atypické mitózy. Epithel je místy nekrotický s tvorbou drobných „abscesů“. V okolí, zvláště ve spodině, je zpravidla hustý lymfocytární infiltrát, často s mírnou příměsí eozinofilů. V centru afekce keratinizuje. V cytologickém detailu afekce vypadá maligně, diagnóza se opírá především o celkové uspořádání afekce. Některými autory je keratoakantom považován za variantu spinocelulárního karcinomu.