Atlas etiologické patologie: Hardware

+ Úvod

+ Jak používat tento atlas

+ Podmínky používání atlasu

+ Co je třeba k užívání tohoto atlasu

+ Technické informace o přípravě atlasu

+ Hardware

+ Software

+ Návod k používání a ovládání atlasu

+ Pohyb mezi stránkami atlasu

+ Ovládání obrázků

+ Virtuální mikroskop

+ Obrázková loga

+ Problémy

+ Netscape

+ Microsoft Internet Explorer

+ Demonstrace některých obrazů

+ Některé Internetové zdroje týkající se dermatopatologie a patologie

+ Literatura

+ Literatura použitá při přípravě atlasu

+ Podpora atlasu

+ Etiologická patologie

+ Protozoa

+ Améby

+ Entamoeba histolytica

+ Entamoeba coli

+ Endolimax nana

+ Naegleria fowleri, PAME (Primární amébická meningoencephalitis)

+ Balantidium coli

+ Flagellata, Ciliata

+ Giardia lamblia, lambliasis, giardiasis

+ Trichomonas vaginalis

+ Dermocystidium percae

+ Trypanosomiasis

+ Coccidiosis

+ Toxoplasma gondii

+ Malárie

+ Babesia

+ Leishmaniasis

+ Vermes

+ Nematodes, hlísti oblí

+ Trichinosis, trichinella spiralis

+ Oxyuris vermicularis, Enterobius vermicularis, roup

+ Trematodes, hlísti ploší, motolice

+ Schistosoma, Bilharzie

+ Cestodes, hlísti článkovaní, tasemnice

+ Taenie

+ Echinococcus granulosus

+ Členovci

+ Demodex

+ Klíště

+ Reakce na pokousání hmyzem

+ Pavouk

+ Trombicula autumnalis, sametka podzimní

+ Blecha, Pulex irritans

+ Pediculosis capitis

+ Veš šatní

+ Pedikulosis pubis, veš ohanbí, muňka, filcka

+ Mykózy

+ Aspergillosis, aspergilomykóza

+ Zygomycosis (Phycomycosis, mucormycosis, basidiobolomykóza)

+ Chromoblastomycosis

+ Dermatomykózy

+ Povrchové mykózy

+ Hluboké dermatomykózy

+ Mykózy s výskytem kvasinkovitých forem ve tkáních

+ Candidasis

+ Cryptococcosis, Torulosis, evropská blastomykóza

+ Sporotrichosis

+ Histoplasmosis

+ Severoamerická blastomykóza

+ Parakokcidiodomykóza, jihoamerická blastomykóza

+ Encephalitozoon (Nosema) cuniculi

+ Onemocnění vyvolaná sferulotvornými a sporangiotvornými mykopatogeny

+ Adiaspiromykóza

+ Coccidiomycosis

+ Rhinosporidiomycosis

+ Různé oportunní mykózy

+ Geotrichosis

+ Pneumocystosis

+ Actinomycosis, Aktinomykóza

+ Madurská noha

+ Nocardiosis

+ Struktury připomínající v histologickém preparátu mykotický původ léze

+ Virová onemocnění

+ Poliomyelitis anterior acuta

+ Coxsackie virus

+ Lyssa, rabies, vzteklina

+ Subakutní sklerotizující panencefalitida Dawson

+ Progresivní multifokální leukoencephalopatie Bogaert

+ Leukoencephalitis disseminata acuta (ADEM)

+ Virová hepatitis

+ Hepatitis A

+ Hepatitis B

+ Hepatitis D

+ Hepatitis C

+ Hepatitis E

+ Hepatitis G

+ Hepatitidy způsobené nehepatotropními viry

+ Herpesviry

+ Herpes simplex, HHV-1, HHV-2

+ Herpesvirus varicella-zoster (VZV)

+ Cytomegalovirus

+ Ebstein-Barrové virus, EBV, HHV-4

+ HHV-6

+ HHV-8

+ Papilomaviry, HPV

+ Verruca plana

+ Verruca vulgaris

+ Verruca plantaris

+ Condylomata acuminata

+ Dysplastické a nádorové léze čípku děložního způsobené infekcí HPV

+ Další onemocnění související s HPV infekcí

+ Bowenoidní papulóza genitálu

+ Fokální epiteliální hyperplázie Heck, multifokální papilomavirová epiteliální hyperplázie (MPVEH)

+ Polyomaviry

+ Poxviry

+ Černé neštovice

+ Molluscum contagiosum

+ Orf

+ Zarděnky

+ Bakteriální onemocnění

+ Staphylococcus

+ Streptococcus

+ Lobární pneumonie

+ Erysipelas (růže)

+ Enterococcus faecalis

+ Bacillus

+ Bacillus anthracis

+ Bacillus subtilis

+ Adnátní listerióza

+ Gardnerella vaginalis

+ Mykobakterie

+ Mycobacterium tuberculosis

+ Tuberkulóza kůže

+ Scrofuloderma

+ Lupus vulgaris

+ Reakce na BCG vakcinaci a testech na sensitivitu

+ Atypická mykobakteria

+ Lepra, malomocenství

+ Pseudomonas aeruginosa

+ Legionella pneumophila

+ Francisella tularensis, tularemie

+ Enterobacteriacae

+ Klebsiella pneumoniae

+ Salmonella

+ Střevní tyfus

+ Střevní salmonelóza

+ Escherichia coli

+ Shigella

+ Yersinia pestis

+ Yersinia enterocolitica a Yersinia pseudotuberculosis

+ Haemophilus influenzae

+ Serratia marcescens

+ Proteus mirabilis

+ Enterobacteriacae jako původci oportunních nákaz

+ Vibrio cholerae

+ Campylobacter jejuni

+ Helicobacter pylori

+ Neisseria

+ Neisseria gonorrheae

+ Neisseria meningitidis

+ Moraxella catarrhalis

+ Spirochety, Gram-negativní spirální bakterie

+ Treponema pallidum, syfilis, lues

+ Borrelia burgdorferi, lymeská choroba

+ Rickettsia prowazeki, skvrnitý tyfus

+ Chlamydie

+ Tropheryma whipplei, Whippleho choroba

+ Nemoc kočičího škrábnutí

+ Fyzikální příčiny změn organismu

+ Anthracosis

+ Anthracosilicosis

+ Silikóza

+ Tetováž

+ Thorotrast

+ Radiace

+ Radioablace

+ Chemické příčiny změn organismu

+ Poruchy krevního oběhu

+ Cizí tělesa a reakce organismu

+ Různé další změny tkání a organismu

+ Dočasné obrazy

Hardware

Pro přípravu obrazů byl použit mikroskop Leica DMLB vybavený sadou objektivů HC Fluotar (HC Fluotar 5/0.15, 10/0.30, 20/0.50, 40/0.70, 100/1.30 a Plan 2/0.1). Mikroskop byl vybaven skanovací kamerou Leica S1, umožňující získat obrazy o rozlišení až 5112×5112 obrazových bodů, v 3×12 barvě.

Později jsme používali mikroskop Leica DMLA se sadou planapochromatických objektivů (HC Fluotar 5/0.15, HC PlanApo 10/0.30, 20/0.50, 40/0.70, 100/1.30 and a Plan 2/0.07) a digitální kamerou Nikon DMX 1200. Motorizovaný stolek Merzhäuser byl používán pro posun preparátu. Kamera snímla jednotlivé obrazy v rozlišení 1200×1000 obrazových bodů, 3× 8 bit barva. Program pro obrazovou analýzu a zpracování obrazu Lucia DI LIM (Laboratory Imaging, Praha) je použit pro tvorbu složených obrazů velkých velikostí (i přes 10000 obrazových bodů).

Stejný mikroskop i program byl použit pro tvorbu obrazů s možností zaostřování.

V poslední době používáme ke získávání obrazů o velkém rozlišení systém na bázi mikroskopu Nikon 90i se sadou objektivů 2 – 100×. Pro snímání jsou využívané objektivy CFI PlanApo 20×/0.75, CFI 40×/0.95, CFI VC 60×oil.im./1.40 a CFI VC 100×oil.im./1.40. Mikroskop je řízený softwarem NIS ELEMENTS AR LIM (Laboratory Imaging, Praha). Kamera Nikon DS-Fi1 má rozlišení 2560×1920 px, 3×8 bit. Součástí systému je motorový stolek Prior s držákem na 4 preparáty. Systém byl pořízen za podpory projektu MediGrid (CESNET) v roce 2008.

Obrazy s možností proostřování byly pořízeny na mikroskopu Nikon Eclipse 1000 (Plan Fluor optika) kamerou Basler v rozlišení 1300×1000 obrazových bodů ve více fokusovacích rovinách, vzdálených zpravidla 0.5 µm. Kamera je řízena softwarem pro obrazovou analýzu Lucia DI (Laboratory Imaging). Nověji pro snímámí fokusovacích obrazů používáme rovněž mikroskop Leica DMLB.

Kamerou Basler byla dále pořízena i část obrazů imunofluorescenčních.

Obrazy o vysokém rozlišení byly dále uloženy v jpeg formátu (JFIF ztrátová komprese) ve velikostech max. 900 obrazových bodů a integrovány do atlasu. Obrazy o vysokém rozlišení (pro lupu) mají velikost až 150000×150000 obrazových bodů.