Patolog zpravidla hodnotí endoskopické mikroexcise, pořízené klinikem z různých oblastí žaludku (nejčastěji tělo žaludeční a antrum pylori). Histologický nález má zásadní vliv na léčbu pacienta.

U chronických gastritid B se prokazují bakterie v hlenu na povrchu sliznice a ve žlázkách. Helicobacter jsou vidět v HE, pro kvantitativní odhad (-, +, ++, +++) je však vhodné provést speciální barvení (například stříbření). Bakterie se pak jeví jako rohlíčkovité bakterie hnědé až černé barvy v hlenu těsně u buněk sliznice.

Dále se u mikroexcisí hodnotí množství lymfocytů v lamina propria žaludeční sliznice, opět semikvantitativně (chronická gastritis lehká, střední, těžká; čili gradus I., II., III.) a udává se, zda se jedná o gastritis superficiální nebo hlubokou.

Dále se hodnotí aktivita gastritidy, která je dána přítomností neutrofilů v infiltrátu: inaktivní/aktivní, tedy gradus aktivity 0 (bez neutrofilů), 1 (málo neutrofilů v lamina propria), 2 (neutrofily pronikají do epitelu žlázek) a 3 (neutrofily vyplňují či destruují žlázky).

Dále se hodnotí přítomnost, rozsah a typ intestinální metaplázie (kompletní, nekompletní).