Encefalitida je součástí celkové infekce. Rickettsia napadá endotelie a množí se v jejich cytoplazmě. Makroskopický nález na mozku může být nenápadný, často jsou známky edému případně drobné hemoragie. Endotelie kapilár nekrotizují, kapilární lumina jsou uzavřena hyalinním trombem. V okolí kapilár nakupené histiocyty a mikroglie vytvářejí typický perikapilární uzlík. Trombózy podmiňují fokální nekrózy. Nejvíce bývá postižena oblongata, pons, dále bazální ganglia, a hluboké vrstvy kůry.